仮想環境導入時に必ず考えないといけない問題

VMware仮想環境を導入するにあたって必ず考える必要があるのが

vCenterをWindows版にするのか仮想マシンアプライアンス版にするのか
vCenterを物理サーバにするのか仮想マシンにするのか

だと思います
結構大きな問題です

Windows版にするのか仮想マシン アプライアンス版にするのか

仮想マシン アプライアンス版を第一候補に

最初に結論ですが、仮想マシンアプライアンスをファーストチョイスにすべきではないかと思います
その理由は

Windowsの管理をしなくていい
仮想マシンアプライアンスで機能面が劣ることがない
バックアップ運用、リストア運用が楽

だと考えています

Windows版のメリット

メリットは

Windows vCenterを管理サーバとして使うことができる
仮想マシンアプライアンスってLinuxだし
昔からWindows版使ってるし、その流れでなんとなく

VCSAが実用的になりだしたのはvCenter6.0くらいからでしょうか
VCSAが5.0でリリースされて、最初はActive Directory連携できなかったりと機能的に劣っていたのもあるのですが、1番は「これまでずっとWindows版でつかっていたから」が一番の理由ではないかと思います。
昔はvCenterは「物理サーバ」「Windows」で構築することが当たり前でしたよね。ESX/ESXi4.xの時代からのユーザは特にこの考え方だと思います。

仮想マシン アプライアンス版のメリット

メリットは

Windowsライセンスが不要
Windows Updateが不要で運用中停止することがない
将来こっちが主流になりそう

vCenter5.5がリリースされる頃から徐々にvCSAを選ぼうという雰囲気に変わってきた気がします。特に6.0 / 6.5では全機能がvCSAで利用可能になって（vCenter Server Heartbeatが終了になったのもありますが）、Windowsを使わないメリットが際立っています

もちろんWindowsライセンスも必要ありませんが、Windows Updateもアンチウィルスソフトも必要ないのが大きいです。
パッチ適用がないので毎月一度の再起動も必要ありません。パッチ適用が不要なのでMicrosoft社方針やパッチ不具合によって適用前後に運用が不安定になることもありません。
やはりこの辺がメリットとしては大きいのではないかと思います。
私ならアプライアンス版vCenterを採用します。

実際のところはHCIアプライアンス構築にはvCenter外出し推奨という規制（VxRailはアプラインス版がIn-a-box形式で提供される）があるので